由于地質勘查的局限性，實際鉆井過程中可能遇到與預期不同的地層情況，如復雜的巖石結構、斷層、溶洞等。這可能導致鉆井進度受阻、鉆頭損壞甚至卡鉆等問題。

例如，在鉆進過程中突然遇到堅硬的巖石層，可能需要更換更強大的鉆頭或調整鉆井工藝，這會增加鉆井成本和時間。

在地熱鉆井區域可能存在地質災害風險，如地震、山體滑坡、泥石流等。這些災害可能會對鉆井設備和人員造成嚴重威脅，同時也可能破壞已完成的鉆井工程。

例如，地震可能導致井壁坍塌、套管變形，影響地熱井的正常使用。

地熱鉆井需要使用大型、復雜的鉆井設備，這些設備在長時間運行過程中可能出現故障，如鉆機故障、泥漿泵故障、動力系統故障等。設備故障不僅會影響鉆井進度，還可能導致安全事故。

例如，鉆機的傳動部件損壞可能導致鉆井作業被迫中斷，需要進行維修或更換部件，這會帶來額外的成本和時間損失。

選擇不合適的鉆井工藝可能導致鉆井效率低下、井壁不穩定、地熱資源產量不足等問題。不同的地層條件需要采用不同的鉆井工藝，如旋轉鉆進、沖擊鉆進、空氣鉆進等。

例如，在松散地層中采用空氣鉆進可能會導致井壁坍塌，而在堅硬巖石地層中采用旋轉鉆進可能效率低下。

地熱鉆井過程中需要使用大量的水和泥漿，如果管理不善，可能會導致水資源污染。鉆井廢水和泥漿中可能含有有害物質，如重金屬、化學藥劑等，如果排放不當，會對周圍的土壤、地表水和地下水造成污染。

例如，鉆井廢水直接排放到河流中，可能會影響水生生物的生存環境，破壞生態平衡。

地熱鉆井場地的建設和施工可能會對周圍的生態環境造成破壞，如破壞植被、占用土地、影響野生動物棲息地等。此外，地熱資源的開發利用也可能會對當地的生態系統產生影響，如改變地下水流場、引起地面沉降等。

例如，鉆井場地的建設可能會破壞大片的森林或草原，影響當地的生態景觀和生物多樣性。

地熱鉆井工程的成本通常較高，而且由于存在各種風險因素，實際成本可能會超出預算。成本超支可能會導致項目資金緊張，影響項目的順利進行。

例如，由于遇到復雜的地質情況需要更換鉆頭或增加鉆井設備，這會增加鉆井成本；或者由于設備故障導致停工時間延長，也會增加人工和設備租賃等費用。

地熱資源的產量和質量具有一定的不確定性，即使在前期勘查階段進行了充分的評估，實際開發過程中也可能出現產量不足、溫度過低等問題，從而影響項目的經濟效益。

例如，預期的地熱井產量可以滿足一個小區的供暖需求，但實際產量只能滿足部分用戶，這就會導致收益低于預期。